Агентлаг нь дор дурдсан үйл ажиллагааны тэргүүлэх чиглэлтэй ажиллана:

• Завхан аймгийн хэмжээнд ус цаг уур, байгаль орчны төлөв байдал, чанарын хяналт шинжилгээг зохион байгуулж, хэрэглэгчийг мэдээллээр шуурхай хангах, ус, цаг агаарын аюултай үзэгдлийн улмаас үүсч болзошгүй гамшгийн эрсдэлээс эртнээс сэрэмжлүүлэх;
• Ус цаг уур, орчны хяналт шинжилгээний сүлжээг нэгдсэн удирдлага, нэгдмэл арга зүйгээр хангах, чадавхийг бэхжүүлэх;
• Ус цаг уур, байгаль орчны чанарын хяналт шинжилгээний сүлжээний үйл ажиллагааг тасралтгүй явуулж, мэдээлэл цуглуулах, түүнийг хэрэглэгчдэд шуурхай хүргэх техникийн найдвартай ажиллагааг хангах, техник технологийн  шинэчлэл хийх;
• Ус, цаг уур, байгаль орчны архив, мэдээллийн  сан үүсгэх, хэрэглэгчдийг мэдээллээр үйлчлэх.